биоинформатика

Биоинформатика с Python, Книга рецептов, Современные библиотеки и приложения Python для решения реальных задач вычислительной биологии, Антао Т., 2023.

Биоинформатика – активная область исследований, в которой используется ряд простых и сложных вычислений для извлечения ценной информации из биологических данных. Из книги вы узнаете, как управлять этими задачами с помощью языка Python. Вы рассмотрите ключевые методы секвенирования нового поколения, анализа отдельных клеток, геномики, метагеномики, а также узнаете, как применяются алгоритмы машинного обучения в биоинформатике. Книга предназначена для аналитиков в области биоинформатики, специалистов по данным, вычислительных биологов, исследователей и разработчиков Python.

Введение в биоинформатику, Леcк А., 2009.

В учебном издании, написанном английским ученым — пионером в использовании приемов информатики в биологических исследованиях, ведущим преподавательскую работу в Кембриджском университете, изложены основы информационных технологий в применении к биологическим наукам. Приведены тексты некоторых программ, упражнения и задачи. Для студентов университетов и научных работников.

Основы биоинформатики, Огурцов А.Н., 2013.

   Учебное пособие содержит материалы по основным вопросам курсов «Биоинформатика и информационная биотехнология» и «Биоинформатика и фармакоинформатика» в соответствии с программой подготовки студентов направления «Биотехнология».
Предназначено для студентов специальностей биотехнологического профиля всех форм обучения.

Введение в информационную биологию и биоинформатику, Том 4, Глава 5, Математическое моделирование и методы биоинформатики в биологии развития, Глава 6, Компьютерная эволюционная биология, Колчанов Н.А., Вишневский О.В., Фурман Д.П., 2012.

  Биоинформатика - современное научное направление, возникшее на стыке математики, физики, химии, информатики и классической биологии, занимающееся разработкой алгоритмических подходов для компьютерного анализа биологических макромолекул и моделирования биологических процессов. Задачей информационной биологии является решение биологических задач в области геномики, транскриптомики, протеомики, эволюционной и структурной биологии методами биоинформатики.
Глава 5 содержит основные концепции, которые используются при моделировании в биологии развития. Представлены инструменты биоинформатики: базы данных и знаний в биологии развития. приведены модели, отражающие формирование паттернов в пространственной области, а также сигнальные взаимодействия между клетками. Рассмотрены генная регуляция и эпигенетическое переключение активности генов, а также использование современных знаний о морфогенезе при автоматизации биоинженерных экспериментов и технологий. Описаны перспективы технологии выращивания тканей и органов.
В главе 6 особое внимание уделено описанию базовых алгоритмов, используемых в филогенетическом анализе. Приведены теоретические модели добиологической эволюции, коэволюции, эволюции иммунной системы.
Учебное пособие адаптировано к оригинальным учебным курсам по системной биологии, структурной биологии и компьютерной геномике, читаемым в НГУ для студентов - биологов на кафедре информационной биологии НГУ. Пособие будет интересно студентам математических, физических, биологическим химических и информационных факультетов университетов, а также аспирантам и научным сотрудникам, использующим компьютерные подходы для решения задач современной биологии.

Введение в информационную биологию и биоинформатику, Том 3, Глава 3, Теория генных сетей, Глава 4, Картирование генов, контролирующих сложные признаки человека, Колчанов Н.А., Вишневский О.В., Фурман Д.П., 2015.

  Биоинформатика современное научное направление, возникшее на стыке математики. физики, химии, информатики и классической биологии, занимающееся разработкой алгоритмических подходов для компьютерного анализа биологических макромолекул и моделирования биологических процессов Задачей информационной биологии является решение биологических задач в области геномики, транскриптомики, протеомики, эволюционной и структурной биологии методами биоинформатики. Пособие содержит девять глав, объединенных в пять томов Данный том объединяет главы «Теория генных сетей» и «Картирование генов, контролирующих сложные признаки человека».
Третья глава посвящена анализу генных сетей, являющихся центральным объектом системной компьютерной биологии. Генные сети - молекулярно-генетические системы, обеспечивающие формирование разнообразия фенотипических характеристик организмов (молекулярных, биохимических, структурных, морфологических, поведенческих и т.д.) на основе информации, закодированной в их геномах. В главе излагаются основы теории генных сетей, методы их компьютерной реконструкции и анализа.
Четвертая глава посвящена компьютерным методам картирования генов. Картирование генов это первый и основной этап на пути выяснения природы сложных признаков, к которым относятся многие распространенные болезни человека и хозяйственно ценные признаки сельскохозяйственных животных. В главе описаны основные принципы и подходы к картированию комплексных признаков, анализу сцепления признаков, анализу неравновесия по сцеплению или аллельным ассоциациям Учебное пособие адаптировано к оригинальным учебным курсам по системной биологии, структурной биологии и компьютерной геномике, читаемым в НГУ для студентов - биологов на кафедре информационной биологии НГУ. Пособие будет интересно студентам математических, физических, биологическим химических и информационных факультетов университетов, а также аспирантам и научным сотрудникам, использующим компьютерные подходы для решения задач современной биологии.

Введение в информационную биологию и биоинформатику, Том 2, Глава 2, Компьютерная протеомика, Колчанов Н.А., Вишневский О.В., Фурман Д.П., 2012.

  Биоинформатика - современное научное направление, возникшее на стыке математики. физики, химии, информатики и классической биологии, занимающееся разработкой алгоритмических подходов для компьютерного анализа биологических макромолекул и моделирования биологических процессов. Задачей информационной биологии является решение биологических задач в области геномики, транскриптомики, протеомики, эволюционной и структурной биологии методами биоинформатики.
Во втором томе учебного пособия изложены основы компьютерной протеомики, занимающейся разработкой алгоритмических подходов для компьютерного анализа белков. Описаны особенности структурной организации белковых молекул, их функционирование и эволюция; основные информационные ресурсы в области протеомики; методы предсказания вторичной и третичной структуры белка, функциональных сайтов в последовательностях и структурах белков. Приводятся данные о методах молекулярного моделирования структур макромолекул.
Учебное пособие адаптировано к оригинальным учебным курсам по системной биологии, структурной биологии и компьютерной геномике, читаемым в НГУ для студентов - биологов на кафедре информационной биологии НГУ. Пособие будет интересно студентам математических, физических, биологических, химических и информационных факультетов университетов, а также аспирантам и научным сотрудникам, использующим компьютерные подходы для решения задач современной биологии.

Презентация по информатике - Биоинформатика

Что такое биоинформатика?
Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции).
Изучение и внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п